Спасо-Яковлевский Димитриев монастырь в Ростове-Великом основан около 1390 года святителем Иаковом, епископом Ростовским, в тот же год построен деревянный храм в честь Зачатия святой Анны. В 1392 году преставился святитель Иаков и был погребен в этом храме у северной стены.
За свою многовековую историю монастырь неоднократно был разграблен, сожжен, разорен. С 1918 года монастырь находился в составе музея, в нем продолжались службы в теплом Яковлевском и холодном Димитриевском храмах, так продолжалось до 1929 года, когда Спасо-Яковлевский монастырь упразднили.
После открытия обители в 1991 году, сюда были возвращены святые мощи Димитрия Ростовского и Авраамия Ростовского, много лет находившиеся в музее, зазвонили новые и старые (собранные из закрытых храмов) колокола, возвратились старинные иконы из музеев, совершились первые постриги.
Построена и освящена в 1996 году часовня над источником в честь святителя Иакова.